La funció del sistema de control electrònic és garantir que el sistema de subministrament d'hidrogen, el sistema de subministrament d'aire i el sistema de gestió d'aigua i calor puguin funcionar de manera coordinada i eficient, de manera que puguin exercir el seu rendiment òptim.
Es compon principalment de diversos sensors, mesuradors de cabal, components de vàlvules, lògica de control, etc.
