La diferència principal és la diferència en el material actiu. El material actiu de la bateria secundària és reversible, mentre que el material actiu de la bateria primària no és reversible. L'autodescàrrega de la bateria primària és molt més petita que la de la bateria secundària, però la resistència interna és molt més gran que la de la bateria secundària, de manera que la capacitat de càrrega és menor.
A més, la capacitat específica de massa i la capacitat específica de volum de la bateria primària són més grans que les bateries recarregables generals.
